Việt Nam hiện đang giữ vững vị trí là một trong những điểm đến đầu tư hấp dẫn nhất khu vực Đông Nam Á, với môi trường chính trị ổn định, chi phí vận hành hợp lý và hệ thống hiệp định thương mại tự do ngày càng mở rộng. Tuy nhiên, bên cạnh tiềm năng tăng trưởng, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) khi hoạt động tại Việt Nam cũng phải đối mặt với một hệ thống pháp luật thuế và kế toán mang nhiều đặc thù – vừa khác biệt so với các chuẩn mực quốc tế, vừa không ngừng cập nhật.

Trong bối cảnh đó, việc hiểu đúng và tuân thủ đầy đủ các nghĩa vụ thuế – kế toán tại Việt Nam không chỉ là yêu cầu pháp lý, mà còn là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp FDI vận hành hiệu quả, tối ưu chi phí và giảm thiểu rủi ro kiểm toán, xử phạt hay đình trệ hoạt động kinh doanh. Thực tế cho thấy, rất nhiều sai sót của nhà đầu tư nước ngoài không xuất phát từ việc trốn tránh nghĩa vụ, mà do thiếu nhận diện đầy đủ về hệ thống quy định hiện hành và các mốc tuân thủ bắt buộc.

Bài viết này sẽ cung cấp cái nhìn toàn cảnh và có hệ thống về các nghĩa vụ thuế – kế toán cốt lõi mà doanh nghiệp FDI cần thực hiện tại Việt Nam trong suốt quá trình hoạt động, từ lúc thành lập, vận hành, đến giai đoạn mở rộng, tái cấu trúc hoặc rút vốn. Qua đó, nhà đầu tư nước ngoài có thể chuẩn bị chiến lược tuân thủ chủ động và đúng luật, giảm thiểu rủi ro, đồng thời củng cố tính bền vững trong hoạt động tại thị trường Việt Nam.

1. Tổng quan hệ thống thuế và kế toán áp dụng cho doanh nghiệp FDI tại Việt Nam

Để tuân thủ các quy định mà pháp luật đặt ra đối với nghĩa vụ về thuế – kế toán của doanh nghiệp, đòi hỏi người quản lý phụ trách thuế – kế toán phải hiểu rõ được các quy định của Việt Nam liên quan đến thuế – kế toán tại các văn bản chung gồm: Luật Kiểm toán, Luật kế toán, Luật Quản lý thuế, Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp, Luật Thuế Giá trị gia tăng, Luật Thuế thu nhập cá nhân, Luật Hải quan cho hoạt động xuất nhập khẩu… các Chuẩn mực kế toán Việt Nam cùng các văn bản hướng dẫn đi kèm. Mặc dù vậy đây chỉ là các quy định trên các văn bản, thực tế áp dụng cũng sẽ phải dựa trên sự hướng dẫn của các cơ quan thuế trong một số trường hợp. Chính sách thuế thay đổi liên tục để điều chỉnh kịp các mối quan hệ kinh tế đang diễn ra, chính vì vậy doanh nghiệp cần cập nhật liên tục để đảm bảo không có xảy ra bất kỳ vi phạm nào.

Đối với các doanh nghiệp khi thực hiện các hoạt động kinh doanh xuyên biên giới thì sẽ cần đặc biệt chú ý đến các Hiệp định tránh đánh thuế 2 lần giữa các quốc gia, quy định của Luật thuế nhà thầu, Luật Hải Quan, Luật thuế xuất khẩu, nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn đi kèm để đảm bảo kê khai đầy đủ theo quy định.

2. Thuế Giá trị gia tăng – lựa chọn phương thức kê khai thuế phù hợp 

Căn cứ theo Điều 10 của Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15, có 2 phương pháp kê khai thuế GTGT là: Phương pháp khấu trừ thuế và Phương pháp tính trực tiếp.

Một trong những điểm cốt lõi mà doanh nghiệp FDI cần hiểu rõ khi triển khai hoạt động tại Việt Nam là phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt là phương pháp khấu trừ – phương pháp phổ biến và bắt buộc áp dụng đối với các doanh nghiệp có quy mô trung bình trở lên. Theo quy định tại Điều 11 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, phương pháp khấu trừ thuế được áp dụng cho các cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn và chứng từ theo quy định pháp luật. Căn cứ theo quy định này, số thuế GTGT phải nộp được xác định bằng chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu ra và số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Trong đó, thuế đầu ra là tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT bán ra, được tính theo công thức: giá tính thuế x thuế suất. Nếu hóa đơn ghi giá đã bao gồm thuế, thì thuế GTGT đầu ra được xác định lại theo công thức loại trừ, căn cứ tại điểm k khoản 1 Điều 7 của luật.

Ở chiều ngược lại, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ là toàn bộ số thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ đầu vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu và dịch vụ mua từ nhà cung cấp nước ngoài – với điều kiện các chứng từ đó đáp ứng quy định tại Điều 14 của luật. Về đối tượng áp dụng, phương pháp khấu trừ được áp dụng đối với: (i) Doanh nghiệp có doanh thu từ bán hàng hóa, dịch vụ đạt từ 1 tỷ đồng/năm trở lên (trừ hộ, cá nhân kinh doanh); (ii) Các cơ sở kinh doanh có nguyện vọng tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ, và (iii) Các tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ liên quan đến hoạt động dầu khí, trong đó thuế được kê khai, khấu trừ và nộp thay bởi phía Việt Nam.

Việc nắm rõ và áp dụng đúng phương pháp khấu trừ là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tối ưu nghĩa vụ thuế, tránh tình trạng khấu trừ sai, ghi nhận thiếu chứng từ đầu vào hoặc bị truy thu, xử phạt do nhầm lẫn giữa các phương pháp tính thuế.

3. Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) tại Việt Nam

Trong hệ thống thuế Việt Nam, thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) là một trong những sắc thuế quan trọng và có ảnh hưởng trực tiếp đến chiến lược tài chính dài hạn của doanh nghiệp FDI. Hiện tại, mức thuế suất phổ thông đang áp dụng là 22%, áp dụng chung cho phần lớn doanh nghiệp, bao gồm cả doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.

Tuy nhiên, cơ chế thuế TNDN tại Việt Nam có sự phân tầng rõ rệt nhằm điều tiết các lĩnh vực đặc thù. Cụ thể, những doanh nghiệp có doanh thu năm dưới 20 tỷ đồng (theo năm liền kề) sẽ tiếp tục được áp dụng mức thuế suất 20% như thông lệ, trong khi một số ngành nghề đặc biệt – như tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu khí và tài nguyên quý hiếm – chịu mức thuế suất cao vượt trội từ 32% đến 50%, tùy theo điều kiện địa chất, trữ lượng và vùng khai thác, do Thủ tướng Chính phủ quyết định.

Việc tính thuế TNDN không chỉ dừng lại ở công thức cổ điển (thu nhập tính thuế nhân với thuế suất), mà còn được mở rộng theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu trong một số trường hợp đặc thù – đặc biệt đối với doanh nghiệp nước ngoài không hiện diện thường trú hoặc không hạch toán chi phí tại Việt Nam (ví dụ: 5% đối với dịch vụ, 10% với bản quyền, 2% với vận tải – xây dựng, 0,1% với chuyển nhượng chứng khoán…). Điều này tạo ra áp lực tính toán chính xác và phân loại hợp lý các khoản thu nhập xuyên biên giới để tránh bị áp sai thuế suất.

Ngoài ra, quy định về nơi nộp thuế cũng là một điểm cần đặc biệt lưu ý. Nếu doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc tại các địa phương khác, thì thuế TNDN sẽ phải phân bổ theo tỷ lệ chi phí phát sinh tại mỗi địa bàn, thay vì nộp toàn bộ tại trụ sở chính. Đây là quy định có ảnh hưởng lớn đến việc thiết lập cấu trúc vận hành liên tỉnh, đòi hỏi doanh nghiệp phải quản lý chi phí nội bộ một cách minh bạch và có khả năng giải trình phân bổ cụ thể.

Với cách tiếp cận đa tầng – vừa theo thu nhập chịu thuế, vừa theo lĩnh vực và địa bàn – sắc thuế TNDN tại Việt Nam không chỉ là công cụ điều tiết tài khóa, mà còn là một thách thức tuân thủ mang tính chiến lược. Mọi sai sót trong xác định thu nhập tính thuế, áp sai thuế suất, hoặc phân bổ không hợp lý nghĩa vụ thuế giữa các địa phương đều có thể dẫn đến hậu quả nghiêm trọng: bị truy thu, xử phạt, hoặc mất quyền được ưu đãi thuế trong những năm tài chính tiếp theo.

4. Đăng ký chế độ kế toán

Sau khi được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp tại Việt Nam, một trong những bước tiếp theo mà doanh nghiệp FDI bắt buộc phải thực hiện là đăng ký chế độ kế toán áp dụng, hình thức ghi sổ kế toán, phương pháp xác định hàng tồn kho và loại hóa đơn sử dụng. Đây không chỉ là yêu cầu tuân thủ theo quy định pháp luật kế toán và thuế hiện hành, mà còn là nền tảng để xây dựng hệ thống tài chính – kiểm soát nội bộ minh bạch, nhất quán và phù hợp với mô hình kinh doanh của doanh nghiệp.

Lựa chọn chế độ kế toán áp dụng: TT 133/2016/TT-BTC hay TT 200/2014/TT-BTC, theo quy định của Bộ Tài chính, doanh nghiệp tại Việt Nam được phép lựa chọn áp dụng một trong hai hệ thống hướng dẫn chế độ kế toán chính, tùy thuộc vào quy mô và nhu cầu quản trị: Thông tư 133/2016/TT-BTC: Áp dụng cho doanh nghiệp nhỏ và vừa (DNNVV), có kết cấu tài khoản đơn giản, báo cáo tài chính ngắn gọn hơn. Thích hợp với FDI có quy mô giới hạn hoặc đang trong giai đoạn đầu hoạt động. Thông tư 200/2014/TT-BTC: Áp dụng phổ quát cho các doanh nghiệp thuộc mọi loại hình và lĩnh vực, với hệ thống tài khoản kế toán đầy đủ, linh hoạt, phù hợp với các doanh nghiệp FDI có quy mô trung bình – lớn hoặc có yêu cầu báo cáo nội bộ theo chuẩn quốc tế.

Việc đăng ký chế độ kế toán phải được thực hiện trước khi phát sinh nghiệp vụ kinh tế đầu tiên, và doanh nghiệp chỉ được thay đổi trong những trường hợp đặc biệt, có báo cáo giải trình gửi cơ quan thuế.

5. Hình thức sổ kế toán, Lựa chọn linh hoạt nhưng phải nhất quán

Theo cả hai thông tư nói trên, doanh nghiệp chỉ được phép áp dụng một hệ thống sổ kế toán duy nhất cho mỗi kỳ kế toán. Việc lựa chọn hình thức sổ phải phản ánh đặc điểm hoạt động thực tế của doanh nghiệp và bảo đảm tính minh bạch, dễ kiểm tra. Thông tư 133/2016/TT-BTC: Có 3 hình thức sổ kế toán: Nhật ký chung, Nhật ký – Sổ cái, Chứng từ ghi sổ; Thông tư 200/2014/TT-BTC: Có thêm một hình thức thứ tư là: Nhật ký – Chứng từ

Doanh nghiệp cần đăng ký hình thức sổ với cơ quan thuế và duy trì tính nhất quán trong suốt niên độ kế toán.

6. Đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn, mọi doanh nghiệp đang hoạt động tại Việt Nam đều bắt buộc phải sử dụng hóa đơn điện tử, trừ một số trường hợp đặc thù có quy định riêng. Doanh nghiệp FDI cần:

• Lựa chọn đơn vị cung cấp hóa đơn điện tử đủ điều kiện theo quy định của Bộ Tài chính;
• Đăng ký mẫu hóa đơn, ký hiệu hóa đơn, ngày bắt đầu sử dụng với cơ quan thuế thông qua cổng thông tin điện tử;
• Thực hiện xuất hóa đơn đầy đủ và kịp thời, phù hợp với thời điểm ghi nhận doanh thu và nghĩa vụ thuế.

Việc quản lý hóa đơn điện tử phải đồng bộ với phần mềm kế toán và quy trình kiểm soát nội bộ để tránh rủi ro về ghi nhận sai doanh thu, kê khai thuế không khớp hoặc bị xử phạt hành chính.

Tuân thủ không chỉ là nghĩa vụ, mà là chiến lược đầu tư an toàn, việc tuân thủ đầy đủ và đúng quy định về thuế – kế toán tại Việt Nam không chỉ là trách nhiệm pháp lý bắt buộc đối với mọi doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, mà còn là một phần không thể thiếu trong chiến lược quản trị rủi ro và phát triển bền vững. Hệ thống pháp luật thuế và kế toán tại Việt Nam ngày càng hoàn thiện và hội nhập, nhưng đồng thời cũng đòi hỏi nhà đầu tư phải chủ động thích nghi, minh bạch và kỷ luật trong việc thực hiện nghĩa vụ báo cáo, kê khai, ghi sổ và lưu trữ dữ liệu tài chính.

Thực tiễn cho thấy, những sai phạm dù vô tình hay cố ý trong lĩnh vực thuế – kế toán đều có thể dẫn đến hậu quả nghiêm trọng: từ bị truy thu thuế, phạt vi phạm hành chính, mất quyền ưu đãi đầu tư, cho đến đình chỉ hoạt động, hủy đăng ký kinh doanh hoặc bị điều tra hình sự trong các trường hợp nghiêm trọng. Ngoài thiệt hại tài chính trực tiếp, việc vi phạm nghĩa vụ tuân thủ còn làm suy giảm uy tín doanh nghiệp, ảnh hưởng tiêu cực đến khả năng gọi vốn, hợp tác thương mại và kế hoạch mở rộng tại thị trường Việt Nam.

Lời khuyên dành cho nhà đầu tư nước ngoài là: hãy thiết lập hệ thống kiểm soát thuế – kế toán bài bản ngay từ giai đoạn đầu, phối hợp chặt chẽ với đơn vị tư vấn chuyên nghiệp và luật sư nội địa, thường xuyên rà soát rủi ro tuân thủ (compliance health check), và xây dựng đội ngũ tài chính – kế toán hiểu biết cả pháp luật Việt Nam lẫn tiêu chuẩn quản trị quốc tế. Đây không chỉ là cách để tránh rủi ro pháp lý, mà còn là đòn bẩy để tạo dựng niềm tin, quản lý hiệu quả và khai thác trọn vẹn tiềm năng đầu tư tại Việt Nam.

Thời gian viết bài: 16/05/2025

Bài viết ghi nhận thông tin chung có giá trị tham khảo, trường hợp bạn mong muốn nhận ý kiến pháp lý liên quan đến các vấn đề mà bạn đang vướng mắc, bạn vui lòng liên hệ với Luật sư của chúng tôi theo email info@cft.vn

Bạn có thể tham thảo thêm:

• Chủ sở hữu hưởng lợi là ai? – Góc nhìn pháp lý từ quy định mới nhất của pháp luật doanh nghiệp Việt Nam
• Doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài: Làm sao để xác định đúng chủ sở hữu hưởng lợi?